西暦２２０２年。突如、襲来した宇宙艦隊が、瞬く間に地球全土を占領。暗黒星団帝国を名乗る敵は、一瞬で人類を全滅させる新兵器・重核子爆弾を楯に降伏を迫る。反撃のため、仲間とともに宇宙戦艦ヤマトが隠された小惑星イカロスへ向かう古代進。だが、その途中で恋人の森雪が敵の銃撃に倒れ、地球に取り残されてしまう。雪と地球を救うため、イカロスに辿り着いた古代たちは、重核子爆弾の起爆装置がある敵の母星に向けて旅立つ。