いかなる国家にも属さない対テロ傭兵組織“ミスリル”のエージェント相良宗介は、日本の高校に転入生として潜入し、女子生徒の千鳥かなめを護衛するという極秘任務を命じられる。“ウィスパード”と呼ばれる特殊能力者である彼女は、各諜報機関やテロ組織の標的にされていたのだ。戦場育ちの宗介は学園生活に悪戦苦闘しながらも、かなめとの友情を育んでいく。だが、修学旅行中の旅客機が何者かにハイジャックされてしまう。