無人惑星セティ・アルファ・Ｖに、残虐非道なカーンが幽閉されていた。カーンはある理由から、ＵＳＳエンタープライズ号のカーク船長を恨み続けていた。そんな時、この星にＵＳＳリライアント号の乗組員ふたりがやってきた。彼らを捕らえたカーンは、カークの恋人だったキャロルが無から生命を生み出すという“ジェネシス計画”を立てていることを知り、この計画の乗っ取りとカークの抹殺をもくろむ。