世界征服をたくらむ悪の組織“コブラ”に、“ナノマイト”が武器商人デストロの手により脅威の兵器として渡ってしまう。元々はガン細胞破壊のために作られた治療薬だった“ナノマイト”だったが、あらゆるものを破壊してしまう威力を持っていたため、コブラ達がこれを利用しようと企んでいるのだ。そんなコブラを食い止めようとアメリカ政府が送り込んだのは、世界各国から集められた地上最強のエキスパートチーム“G.I.ジョー”であった。