ガッツが去ったことで自暴自棄となったグリフィスが反逆の罪で囚われ、鷹の団も逆賊として追われる身となって１年。崩壊していく団を率いるキャスカの前に、再びガッツが現われる。キャスカは怒りをぶつけながらも、その言葉とは裏腹にガッツと身も心も結ばれていく。その後２人は、わずかに残る仲間と共にグリフィス救出へと向かう。しかし幽閉されていたグリフィスは、凄惨な拷問の末に、見るも無惨な姿と成り果てていた。そんな全てを失い、絶望に打ち震えるグリフィスの前に、失われたはずのベヘリット“覇王の卵”が現われるが…。