東都スタジアムでサッカー観戦を楽しんでいたコナンたち。その頃、毛利探偵事務所に大規模爆破を予告する電話が架かる。阻止するには犯人が残した謎の暗号を解読するしかない。蘭が新一に助けを求めた電話で犯行予告を知ったコナンは、暗号解読に乗り出す。次のターゲットは？　犯人はなぜ、小五郎を狙うのか？　やがて解読に成功したコナンは同時に“あること”を知る。それは、この事件に仕掛けられた恐るべき陰謀であった！