『ミクロキッズ』で子どもたちをミクロ化し、『ジャイアントベイビー』では赤ん坊を巨大化させるなど、人類にとって意義あるはずの発明を次々と生み出しているにもかかわらず、なぜか結果として周囲を大パニックに陥らせてばかりいる天才科学者サリンスキー博士を主人公とした、『ミクロキッズ』シリーズの第3作。 今回は、ついに博士夫妻が友人夫婦まで巻き込んでミクロ化。 彼らにとって最大の脅威となるのはもはや巨人にしか見えない彼らの子どもたち。