草薙素子たち公安９課は、難民集団「N」を率いるシマムラタカシと邂逅する進化の特異点迫る廃墟・東京で、ポスト・ヒューマンのレイドが始まる2045年。全ての国家を震撼させる経済災害とAIの爆発的な進化により、世界は計画的且つ持続可能な戦争へと突入した。電脳社会に突如出現した新人類“ポスト・ヒューマン”による電脳犯罪を阻止すべく、全身義体のサイボーグ・草薙素子率いる公安９課は、先の大戦で廃墟と化した東京へと向かう。奪取された原子力潜水艦による核大戦の危機が迫るなか、公安９課、アメリカ、ポスト・ヒューマンによる三つ巴の戦闘が激化していく。