シャボンディ諸島での海軍との戦いの中で、麦わらの一味はバラバラに吹き飛ばされてしまう。吹き飛ばされたルフィは辿りついた島で兄エースの公開処刑の知らせを耳にする。ルフィはエースを助けるために脱獄不可能の海底監獄インペルダウンへ向かうことを誓うのだった。海底監獄への侵入に成功したルフィは、そこでボン・クレーに再会する。エース救出のために共に戦う二人であったが、監獄署長のマゼランによってルフィは絶体絶命の状態に…!さらに、エースはすでに海軍本部へ移送されてしまった後であった!エースを助けようとする白ひげ海賊団、ルフィが海軍本部に集結し、いよいよエースを巡って海賊たちと海軍の頂上戦争が今始まる――!