Setelah berhasil menyelamatkan nyawa pewaris penting di klan Arashikage, Snake Eyes si petarung tunggal akhirnya diundang ke Jepang oleh klan tersebut. Klan Arashikage dikenal dengan para ninjanya yang telah membawa perdamaian dunia selama 600 tahun lamanya. Maka dari itu, Snake Eyes ditunjuk dan mulai dilatih untuk menjadi bagian dari klan Arashikage dengan kemampuan berpedangnya. Lambat laun, rahasia besar Snake Eyes pada masa lalu pun terungkap, yang tentunya akan berdampak pada kepercayaan dari orang-orang terdekatnya.