Alur cerita berputar tentang hubungan Nagabonar (Deddy Mizwar) dan Bonaga (Tora Sudiro) dalam suasana kehidupan anak muda metropolis. Bonaga, seorang pengusaha sukses, mendapat proyek pembangunan resort dari perusahaan Jepang. Sialnya, lahan yang diincar perusahaan Jepang tersebut tak lain adalah lahan perkebunan sawit milik ayahnya, Nagabonar. Maka Bonaga pun memboyong ayahnya ke Jakarta agar dia bisa membujuk Nagabonar menjual lahan tersebut.