Priča počinje nestankom privatnog istražitelja Harryja Goodmana, kada njegov 21-godišnji sin Tim pokuša saznati što se zapravo dogodilo. U istrazi će mu pomoći Harryjev bivši Pokémon partner, detektiv Pikachu, koji ima najčudniji smisao za humor. Tim i Pikachu će udružiti snage kako bi razotkrili zapetljanu tajnu. U potrazi za tragovima u suvremenoj metropoli u kojoj žive ljudi i Pokémoni, susreću se s raznolikim likovima te otkrivaju šokantnu tajnu koja bi mogla uništiti cijeli Pokémon svijet.