כשצוות האנטרפרייז נקרא לשוב הביתה, הם מגלים קבוצת טרוריסטים בלתי ניתנים לעצירה אשר פרצו מתוך הפדרציה ויצאו כנגד הארגון כולו, הדבר משאיר את עולמם במשבר קשה. קפטן קירק לא נשאר חייב, הוא מוביל את צוותו למצוד אל עולם אפל במיוחד שנמצא באזור מלחמה, כדי לתפוס את האדם שאחראי על הנשק שעלול להשמיד את כולם.