קבוצת ניצולים אשר מונהגת על ידי ג'ון קונור נלחמת ב-"סקיינט" וצבא המכונות שלהם כדי למנוע מהם להשלים את העבודה. העתיד כפי שתואר בפני ג'ון קונור במשך כל השנים ואליו הוא התכונן, שונה בשל הופעתו של אדם מסתורי בשם מרקוס רייט אשר הזיכרון האחרון שלו היה שהוא ממתין בתא הנידונים למוות לביצוע גזר דינו. קונור חייב לקבוע אם מרקוס נשלח מן העתיד, או אם הוא ניצל מן העבר. בעוד ש-"סקיינט" מתכננת את הקרב המכריע שלה, קונור ומרקוס יוצאים למסע רב-תלאות בו הם מגלים סוד נורא שעלול להוביל להכחדת האנושות.