כאשר סבו האהוב של ג'ייק משאיר לו רמזים לתעלומה חובקת עולמות וזמנים שונים, הוא מוצא מקום קסום המכונה המעון של מיס פרגרין לילדים משונים. המסתורין והסכנה מעמיקים כאשר הוא לומד להכיר את דרי המעון ולומד על הכוחות המיוחדים שלהם ואת האויבים החזקים שלהם. ג'ייק מגלה כי רק המוזרות המיוחדת שלו יכולה להציל את החברים החדשים שלו.