השני בסדרת סרטי מסע בין כוכבים, והראשון בטרילוגיה שסופה ב"מסע בין כוכבים 4: השיבה הביתה". הפדרציה, יחד עם קבוצת מדענים, משתפת פעולה בפרויקט שנקרא "בראשית". זו תכנית להחזיר כוכב לכת מת לחיים. עד כה הניסויים הראשוניים הצליחו, וכעת לצורך השלב הבא, שהוא למעשה החזרת כוכב לחיים, נדרש כוכב לכת מת. הפדרציה שולחת את ספינת החלל רילאנט למצוא מועמד כזה. הקצין הראשון בספינה הוא חבר צוות האנטרפרייז לשעבר, פאבל צ'כוב. הם מאתרים מה שנראה ככוכב לכת מת במערכת סטי אלפא, אבל החיישנים מזהים סימן חיים קטן שמצביע על כך שכוכב לכת זה אינו באמת מת. קפטן הספינה חושב שאולי ניתן לפנות אותו משם, והוא וצ'כוב יורדים לחקור את מקור החיים. הם מוצאים את מה שנראה כתא חיים, אך נתפסים על ידי תושבי הכוכב. כשהם נלקחים למנהיג, צ'כוב מזהה אותו כחאן ,ביו-אדם מהונדס מסוף המאה ה -20, אותו מצא קירק לפני 15 שנה, שניסה להשתלט על האנטרפרייז ולהרוג את קירק. למרות שחשב שסיים את הקריירה שלו על האנטרפרייז, מוצא עצמו קירק בעיצומה של הרפתקה מסוכנת חדשה.