"מתוך הצללים" מתאר את התקופה האפלה בפראג של שנות ה-50, בזמן שהשלטונות העלילו עלילות שווא על הקהילה היהודית כדי להסית את דעת הקהל מהמצב הכלכלי. האקל (איוון טרויאן), חבר במשטרה הקומוניסטית שחוקר מקרה שוד שבוצע לכאורה בחנות של צורף, חושף ראיות המאירות על המקרה באור חדש, ומגלה שהנסיבות לפשע הרבה היותר ממקריות. צוות מיוחד של בטחון המדינה לוקח את החקירה מידיו ומעבירה למומחה מזרח גרמני ביצירת משפטי ראווה (סבסטיאן קוך). למרות בואו של המומחה הגרמני ממשיך האקל בחקירתו הפרטית לאמת.