A travers des contrées reculées du Japon ancien, Ginko, un docteur mystique, observe les Mushis, êtres éthérique issus du flot de vie primordial coulant au creux des ténèbres. A travers ses errances, il guérira les effets négatifs que peuvent entraîner la proximité prolongée des Mushis, tout en tentant d'établir une coexistance pacifique et raisonnée entre ces êtres d'un autre plan et les humains.