En medio de la batalla, Ben 10 es absorbido por un vórtice dimensional y enviado a un extraño mundo paralelo en el que microscópicos nanites infectan a toda criatura viviente en el planeta: ¡es el mundo de Generator Rex! Tras resultar gravemente herido uno de los principales aliados de Rex, éste y Ben dejan de lado sus diferencias y se unen para salvar la galaxia del letal Nanite Alpha. ¿Podrán Ben y Rex superar a tiempo sus diferencias y salvar sus respectivos mundos de la destrucción final?