Un meteorito hace aparecer al dragón de tres cabezas Rey Ghidorah en la Tierra, después de que las sacerdotisas de Mothra predijeron que el Rey del Terror regresaría. Se decía que el monstruo era el responsable de la desaparición de los dinosaurios, y ahora, es una amenaza para todos los hijos de la Tierra. Como Mothra no es rival para el dragón, es enviado al pasado a la época de los dinosaurios para luchar contra un joven, y menos poderoso, Rey Ghidorah.