En los años 50, la capital de Japón fue atacada y casi destruida por Godzilla. Desde entonces, Japón ha disfrutado de un gran periodo de paz, pero esa paz se ve alterada cuando un submarino del ejército japonés detecta una extraña silueta en el fondo del mar que recuerda a Godzilla. Nadie acepta tal posibilidad, excepto el Comandante Tachibana quien, en su niñez, fue testigo del ataque de Godzilla, por lo que no descarta el regreso del monstruo atómico.