Sucesos terribles están ocurriendo alrededor de la bahía de Tokio. Los detectives Kusumi y Hata están trabajando en el caso. Su investigación les revelará que los militares japoneses y americanos tienen un papel muy importante en este asunto. Por otra parte, Kusumi comienza a sospechar de la nueva novia de Hata, Saeko, una importante bióloga que puede estar implicada en el extraño caso. Sin embargo, ni uno ni otro están preparados para encontrarse con un monstruo hambriento que parece ser una poderosa arma biológica llamada WXIII: Wasted Thirteen. Es entonces cuando el gobierno decide poner en acción a los robots Patlabors de la Unidad Especial 2.