Durante el período Edo de Japón, por temor a perder autoridad, el shogunato Tokugawa contrata al Shinsengumi para derrocar a la Corte Imperial. Sin embargo, el Clan Satsuma se entera del plan de Tokugawa y envía a las últimas cinco Kunoichi (mujeres ninjas) del Clan Ninja Hiryu para espiar al Shinsengumi. Mientras tanto, un demonio esquelético malvado cobra vida para asesinar a los ninjas Kunoichi y destruir el mundo.