Im Jahr 2220 steht der Erde eine Krise bevor - ein sich bewegendes schwarzes Loch, das sich ständig ausdehnt. Daraufhin gibt es die Anweisung, 300 Millionen Menschen von der Erde zu evakuieren. Die letzte Transportflotte, die die Menschen evakuiert, wird jedoch angegriffen. Nur dank Space Battleship Yamato, mittlerweile kommandiert von Susumu Kodai, gelingt es, die Situation zu retten. Doch es warten bereits die nächsten Gefahren...