Die Handlung setzt zehn Jahre nach der Rückkehr der Voyager aus dem Delta-Quadranten ein. Die Zeit der Ruhe scheint dabei zunächst einmal für die Förderation vorbei zu sein, als der Planet Reuel VII, Hauptlieferant von Dilithiumkristallen, plötzlich verschwindet. Raum und Zeit sind um das System gefaltet, um es zu isolieren. Dieses Phänomen ist nicht natürlich - es wird durch Etwas oder Jemanden verursacht. Die Föderation muss drastische Maßnahmen außerhalb ihrer normalen Gerichtsbarkeit ergreifen, um dem Problem zu begegnen. Admiral Pavel Chekov, Chef des Geheimdienstes der Sternenflotte, wendet sich daraufhin an Tuvok, der die neu formierte Section 31 leitet. Dieser stellt eine Crew aus Abtrünnigen zusammen, die von Captain Lexxa Singh angeführt wird. Sie sollen dem Problem auf unkonventionelle Weise auf den Grund gehen.