Naruto, mittlerweile der siebte Hokage von Konoha, widmet sich nun ganz der Ausbildung der nächsten Shinobi-Generation. Während der Chunin Auswahlprüfung sollen die neuen Shinobi ihr Können unter Beweis stellen. Unter den Teilnehmern sind Sarada, Sasukes und Sakuras Tochter, der geheimnisvolle Mitsuki und Narutos und Hinatas ungestümer Sohn Boruto, der zwar sehr nach seinem talentierten Vater kommt, sich aber frustriert von ihm abwendet. Sasuke, der gerade eigentlich auf einer Mission ist, erscheint Naruto, um ihn vor einer kommenden Gefahr zu warnen. Wenig später platzen Momoshiki und Kinshiki Otsutsuki in die Prüfungen, um Naruto zu töten. Als dieser verschwindet, machen sich Sasuke, die fünf Kage und Boruto auf, um Naruto zu finden und die Feinde zu besiegen.