Ein kosmischer Fall von UFOs, intergalaktischer Intrige und einer fantastischen Liebesgeschichte versetzen Scooby-Doo , Shaggy und den Rest der Mystery Inc. in ein übernatürliches Abenteuer, das alles bisher dagewesene übertrifft! Die Gruppe sitzt in einer abgelegenen Wüstenstadt fest und entdeckt bald, dass dieser Ort vor Fans fliegender Untertassen, heimlichtuerischen Wissenschaftlern und nicht gerade freundlichen Außerirdischen nur so wimmelt! Von Außerirdischen gejagt und an Bord eines UFOs gebeamt, passiert Shaggy und Scooby-Doo schließlich etwas noch Verrückteres - sie verlieben sich bis über beide Ohren! Hinweise auf das Geheimnis der außerirdischen Invasoren führen sie dann von einer streng geheimen Forschungsstation der Regierung zu einem riesigen Labyrinth aus unter der Stadt verborgenen Höhlen. Zusammen mit dem Rest der Bande begeben sich unsere verliebten Helden auf ein Wettrennen, um einen Fall zu lösen, der dem Begriff „phantastisch“ eine neue Dimension verleiht!