宇宙世纪0071年。脱离SIDE 3，慕佐自治共和国后3年。吉恩‧兹姆‧戴肯的遗孤卡斯巴尔跟阿尔黛西亚兄妹，与金巴‧拉尔一起逃往地球，并寄住在提亚波罗‧玛斯家中，改名为爱德华·玛斯与塞拉·玛斯，开始过着平稳的日子。而一直追踪他们的扎比家的魔爪，悄悄地再次逼近…。此时，SIDE 3将国名更改为吉恩自治共和国。扎比家不但掌握实权，整个支配体制也日渐巩固，更开始着手开发对抗地球联邦军的最新兵器－机动工兵。