某天，小智收到了荣格博士的邀请函。原来荣格博士致力研究的小精灵幻影系统，可以将已绝种的小精灵给实像投影，摸起来跟真的一样。而到了城堡看完了幻影系统的功能后，小智就和幻影小精灵进行对战。忽然幻影系统失灵，而幻影化石翼龙居然冲出来绑架了荣格博士！这时出现一位蒙上面具披上大衣的主谋者，自称可以随意操纵这个系统来制造毫无弱点的小精灵们。在大木博士怒斥这位主谋者的阴谋时，梦幻出现了！到底这位主谋者的邪恶计划是？梦幻的出现又会带来什么影响呢？而荣格博士的命运又会如何？