由于时劫者介入了历史，世界与人类变成被AI机械人Humagear所支配！ 　　　　飞电或人从荒废的世界中醒来，却发现他的社长之位以及幪面超人ZERO-ONE之力，也被Humagear的威尔及另类ZERO-ONE夺走。为了夺回原本的世界，或人与恢复有关幪面超人记忆的常磐庄吾，一同前往12年前所有事情开始的那一天。然而出现在或人面前的，竟是原本因卷入12年前的「破晓事件」而死亡的父亲飞电其雄，而他更可变身成幪面超人1型…