影片从艾连发动全球灭绝行动开始，他利用始祖巨人的力量控制了所有拥有艾尔迪亚血统的巨人，并率领他们向墙外的世界进发，意图消灭所有非艾尔迪亚人。他的好友阿明·阿诺德、三笠·阿克曼等人加入了马莱帝国和其他国家组成的联合军队，试图阻止艾连的计划。在这场决定人类命运的战争中，双方都付出了惨烈的代价，许多重要的角色牺牲了自己的生命。影片以艾连和阿明等人在云端对峙为高潮，艾连向阿明解释了他真正的目的和感受，并请求他们杀死自己。影片留下了一个悬念：阿明等人能否成功阻止艾连？艾连能否实现他心中的自由？人类和巨人之间能否有和平共处的可能？