故事发生在迪迦奥特曼与邪神加坦杰厄决战的两年之后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉、达拉姆及女领袖卡美拉。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，将世界推向灭亡的恐怖处境，人类再度面临危机……与此同时，圆·大古与柳濑·丽娜相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当前的危机束手无策。三千万年前毁灭人类文明的遥远记忆，折磨着重新大古与迪迦奥特曼的神经……