Najbolj visoko kvalificirano posadko arheologov in raziskovalcev vodi zgodovinar Milo Thatch, ko se vkrcajo na neverjetno podvodno podmornico Ulysses in se odpravijo globoko v morske skrivnosti. Podvodna odprava se nepričakovano obrne, ko mora misija ekipe preiti z raziskovanja Atlantide na njeno zaščito.