Passaram vinte anos após os acontecimentos de "Matrix Revolutions". Neo leva uma vida aparentemente normal em São Francisco sob a sua identidade original de Thomas A. Anderson e frequenta um terapeuta que lhe prescreve comprimidos azuis para contrariar as estranhas memórias que ocasionalmente o atormentam. Também conhece uma mulher que parece ser Trinity, mas não se reconhecem um ao outro. Quando uma nova versão de Morpheus lhe oferece um comprimido vermelho, a mente de Neo reabre-se ao mundo da Matrix, que se tornou mais segura e perigosa nos anos decorridos desde a infecção Smith, e Neo volta a juntar-se a um grupo de rebeldes para lutar contra um novo inimigo.