Dois anos após os eventos do Galaxy Express 999, a Terra torna-se um campo de batalha e Tetsuro mais velho e lutando contra o povo máquina é convocado para embarcar a bordo do GE999 mais uma vez. Nesta completa conclusão teatral da história épica de Leiji Matsumoto, todas as perguntas serão respondidas e todos os mistérios serão revelados enquanto Tetsuro embarca em uma jornada que revelará um segredo tão horrível que até a própria Maetel mal consegue falar sobre isso.