Após o incidente na União do Sudeste Asiático em 2116, Shinya Kogami retoma sua jornada errante. Em uma pequena nação do sul da Ásia, Kogami resgata um ônibus de refugiados sob ataque das forças armadas da guerrilha. Entre os refugiados está uma jovem chamada Tenzin, que implora a Kogami que a ensine a retaliar contra o inimigo. O que a garota que deseja vingança e o homem que a vingou veem quando olham para a beira de um mundo do qual não há como escapar?