Uma lenda antiga torna-se realidade quando os Pokémons Articuno, Zapdos e Moltres são perturbados depois de séculos de harmonia. À medida que as forças da natureza começam a ficar desequilibradas, a vida na Terra depende apenas do improvável trabalho de equipa do mítico Pokémon Lugia e um misterioso "escolhido", anunciado na lenda. Conseguirá Ash Ketchum reunir a coragem e força para salvar o mundo?