Krigsseileren forteller historien om sjømannen Alfred, en arbeiderklassegutt og nybakt trebarnsfar i Bergen. Når andre verdenskrig bryter ut er han og barndomskameraten på jobb på et handelsskip midt ute i Atlanterhavet. De blir beordret til fronten i en krig de ikke har bedt om, i sivil og uten våpen. De to mennene kjemper for å overleve i en nedadgående spiral av vold og død, hvor tyske ubåter når som helst kan angripe skipet lastet med materiell som er nødvendig for de alliertes krigsinnsats. Krigsseilerne har ett mål: Å overleve - for å komme hjem. Parallelt følger vi Cecilia, Alfreds kone, og barna hjemme i Bergen.