Den 12. mann forteller historien om motstandsmannen Jan Baalsruds flukt fra nazistene under andre verdenskrig. Tolv motstandsmenn gikk ombord i en fiskeskøyte på Shetland, og krysset Nordsjøen for å utføre sabotasjeaksjoner mot den tyske okkupasjonsmakten. De ble forrådt av en norsk nazist og elleve av motstandsmennene ble fanget og drept. Bare den tolvte mannen - Jan Baalsrud - slapp unna.