Eventyret starter for 40 år siden da gutten Sam møter den høyst uvanlige Celebi, en liten men veldig kraftfull Pokemon. De to blir gode venner. Men det finnes et problem, Celebi blir jaget av Pokemonjegere som vil utnytte de enorme kreftene hans til å styre hele verden med ondskap. For å slippe unna tvinges Celebi til å ta i bruk sitt mektigste våpen: Evnen til å reise fremover i tid. Ved en feiltagelse blir Sam med på turen og de lander i nåtiden hvor de møter Ash, Pikachu og den legendariske Pokemon Suicune. Men jegerne har fulgt etter og nå blir det plutselig opp til de andre å beskytte Celebi - og redde verden!