En dag faller piken Sheeta ned fra himmelen. Rundt halsen bærer hun en magisk krystall som har vært i familien i flere generasjoner. Denne magiske krystallen er både pirater og hæren ute etter, fordi den viser vei til Laputa, himmelslottet oppe i skyene. Fra himmelen faller hun i armene til guttungen Pazu og sammen danner de et unikt vennskap og drar på en reise for å finne den siste svevende byen som er igjen etter menneskenes ødeleggelser.