Tomas Andersonas gyvena neišsiskiriantį, nuobodoką gyvenimą. Tačiau kartais jį aplanko keistas, nepaaiškinamas jausmas, kad šis gyvenimas kažkoks netikras. Kad egzistuoja kažkas daugiau – kažkas neapčiuopiamo, nematomo, bet nė kiek ne mažiau realaus. Siekdamas įveikti šį nerimą, Tomas ima lankytis pas psichoterapeutą ir vartoti jo paskirtus vaistus – kažką neaiškiai primenančias mėlynas piliules. Tačiau tai menkai tepadeda. Tomą sukrečia atsitiktinis susitikimas su moterimi, kurią – jis galėtų prisiekti – jau kažkur yra matęs. Keisčiausia, kad ji jaučiasi taip pat. O tada vieną dieną aplinkybės susiklosto taip, kad Tomas praryja jam pasiūlytą raudoną piliulę. Akimirksniu vyrui nuo akių nukrenta apgaulės šydas, slėpęs nuo jo kraupią tiesą ir, atgavęs atmintį, Tomas sugrįžta į tikrąjį – Matricos pasaulį. Jame Neo vėl suranda Trinitę, naujų draugų ir iš naujo kyla į kovą už savo ir visos žmonijos laisvę.