台風一過の朝、のび太は台風の子供と出会い、フー子と名付けて可愛がる。ある日、広い草原でフー子と遊ぼうと、どこでもドアで出かけた。しかし、崖の不思議な洞窟に吸い込まれ、違うところに出てしまう。そして不思議な「風の村」に行き着き、テムジン少年たちと知り合う。そこでは風と共に生きる風の民と、風の力を悪用する嵐族が対立していた。 嵐族は古代の風の怪物マフーガを復活させることを企み、そのためにフー子を奪おうとする。しかも突然スネ夫が豹変し、嵐族の陣頭に立って風の民を襲い始める。スネ夫に何が起きたのか。嵐族が狙うフー子の秘密とは何か。風の大平原を舞台に、のび太たちの新たな冒険が始まる。