カルメン＆ジュニは世界の危機を救ったことで、OSS（戦略事務局）の一部門として設立されたスパイキッズに採用され、今日も活躍していた。ある晩、大統領主催のOSSパーティが開かれた。そこにはカルメン＆ジュニたちの他に、ライバル・スパイキッズ、ギグルズ兄妹と彼らの父でグレゴリオと次期OSS局長を争うダナゴンもいた。パーティも佳境に入った頃、大統領が持っていた秘密兵器トランスムッカーが何者かに盗まれてしまう。カルメン＆ジュニはトランスムッカーを追って、奇妙な動物が棲息する謎の島に辿り着き、そこで怪しげな男、ドクター・ロメオに出会うのだった。