自宅の研究室で電磁物体縮小装置を開発している、科学者サリンスキー。ところが彼の留守中、研究室に飛び込んだ野球ボールの衝撃で装置が作動し、偶然部屋に来たサリンスキーの子供エミーとニック、隣に住むロンとラスの４人は、装置から放たれた光線によって約６ミリのサイズに縮められてしまう。誰にも気づかれないまま、ゴミと一緒に裏庭に捨てられてしまった４人の子供たちは、家に帰り着こうと悪戦苦闘する。