謎の異常気象が相次ぐイギリス。政府の極秘諜報機関「ミニストリー・シークレット・サービス」は気象学者のエマ・ピールに調査を依頼する。しかし研究所は何者かの手によって破壊され、極秘研究中だった気象シールドも壊されていた。監視カメラに映されていた人物はエマにそっくり。 そこでミニストリーのトップ、マザーの命令により、機関の諜報員ジョン・スティードはエマと共同で犯人を探し出すことに。機関のナンバー2、ファーザーは彼女が犯人ではないかと疑っていた。 2人はかつてミニストリーの職員だった天才科学者のオーガスト・デ・ウィンター卿に目をつける。彼はファーザーと手を組んで世界の気象を操り、世界征服を企んでいたのだ。ウィンターは全世界を氷河期に陥れると脅迫する。スティードとエマは彼の気象制御基地へ乗り組んだ。