時は戦国時代。琵琶湖に程近い化霞谷に金目教と名乗る新興宗教が興り、急速に勢力を広げつつあった。その動きに、織田信長の侍大将・木下藤吉郎は軍師・竹中半兵衛にその正体を探るよう命じる。竹中は赤影、青影、白影の三人の忍者を呼び寄せ、秘密を探らせると、それは天下支配を伺う霞谷七人衆と七人衆を操る甲賀幻妖斎の恐ろしい企みであることが判明する。赤影たちは、甲賀幻妖斎らを倒すため、忍法秘術を駆使し、戦いに挑んでいくのであった。