20世紀末にICBMによって東京は崩壊したが、わずかな人々は悪魔の跳梁する地上を避け、事前に地下シェルターに避難し、その災厄を逃れていた。シェルター内には厳しい身分制が敷かれ、悪魔の侵入に備えてデビルバスターという特殊部隊が設立された。初台シェルターに住む少年・葛城史人も、デビルバスター隊長であった父に憧れ、入隊試験を受ける。シェルターで暮らしていた主人公の相馬雪彦は、ある日パソコンに不思議な文字が表示されるのを発見する。それと同時にシェルター内にも悪魔が侵入するようになった。更に彼のもとに差出人不明の謎のプログラムが届く。彼は、否応なく人類と悪魔との闘いに巻き込まれてゆく事になる。