閉鎖世界ソル・シエール。そこは過去に２度発生した大惨事によって、空も大地も失った世界。人々は唯一つこの世界に存在する塔「アル・トネリコ」と、その周囲に存在する浮遊大陸で細々と生活をしていた。しかしその塔はまだ生きていた。そして人々に対し、様々な「ウイルス」をけしかけ、人々を根絶やしにしようとする。塔の「ウイルス」と戦うライナーバルセルトは、この世界の神秘である「詩を魔法に変える」事が出来る種族レーヴァテイルの少女と共に、ウイルスに、そしてこの世界の見えない存在に迫っていく。何故塔は人々を襲うのか？前代未聞の世界観で繰り広げられる、スカイアドベンチャー。