幼馴染みである北条響と南野奏は、妖精のハミィと一緒にオープン初日の巨大ショッピングモールへやって来たが、途中でハミィとはぐれてしまう。その後二人はハミィを見つけることができたが、来海えりか主催のファッションショーに乱入してしまう。 そんな最中、おもちゃの国やデザート王国といった別世界の建物や住人が出現する。さらにかつてプリキュア達を苦しめた強敵達が、ブラックホールの闇の力で蘇って、世界を繋ぐ奇跡の花「プリズムフラワー」を枯れさせて世界を暗黒化させようと企んでいた。 敵の策によって異世界に飛ばされたプリキュア達は、いつものパートナーや仲間から引き離されてしまい、強敵達が作り出した世界にそれぞれ招かれてしまう。